Pfarrkirche St. Marien

Die Marienkirche ist wie der Dom ein Denkmal von nationaler Bedeutung. Die gotische Backsteinkirche, die 1280 erstmals urkundlich als Pfarrkirche Erwähnung fand, wurde als chorlose dreischiffige Hallenkirche errichtet. Der imposante Ostgiebel stammt aus dem Jahr 1360. Die kostbare Kanzel, verziert mit zahlreichen Intarsien, wurde 1587 geschaffen.
In St. Marien erklingt Musik auf einer der größten erhaltenen Orgeln, die der Stralsunder Orgelbauer Mehmel (1827 - 1888) schuf. Der Kirchenraum, restauriert von 1980 bis 1983, besticht durch seine klare, schlichte Farbgebung, die am Ende des im 14. Jahrhunderts angelegt wurde. Die Wandmalereien mit der Passionsgeschichte Jesu Christi stammen aus dem Jahre 1411. Das Geläut der Kirche besteht aus 3 Glocken. Am Eingang zum Kirchenschiff erinnert seit 1702 ein Sühnestein an den Bürgermeister und Universitätsgründer Heinrich Rubenow, der 1462 ermordet wurde. Das Altarbild Correggios Heilige Nacht reproduzierte der im nahen Ludwigsburg geborene Friedrich August von Klinkowström. Er war genauso wie Caspar David Friedrich von Universitätslehrer Johann Gottfried Quistorp in Greifswald ausgebildet worden. Die Pfarrkirche ist Station an der  Europäischen Route der Backsteingotik.